V tomto díle se veškeré schopnosti vašich postav učíte z předmětů, které jsou různorodé. Jedinou výjimku tvoří jako modrý mág Quina, která se učí modrou magii tím, že spořádá nebo uvaří nepřátele. Jednotlivé schopnosti jsou rozděleny do dvou kategorií: Aktivní (jenž se dají použít v menu nebo přímo v boji) využívají pro vyvolání MP, které lze doplňovat elixírem nebo podpůrnými prostředky jako je Ether či Elixir a dále ty pasivní, které si za magické kameny aktivujete v menu postav. Ty slouží jako podpora postav automaticky a jedinou nevýhodou je, že počet kamenů je omezen úrovní postavy. Každá pasivní schopnost samozřejmě stojí jiný počet kamenů a tak je jen na vás jaké z nich si aktivujete, protože je můžete mimo boj kdykoliv deaktivovat. Schopnosti se vždy stanou dostupnými jakmile si nastavíte předmět a za získané body se schopnost začnete učit. Pokud byste se ji nenaučili a zbraň či výstroj odstranili, tak o schopnost přijdete, proto je nejlepší se ji vždy naučit celou a teprve potom vybavení změnit. Většina aktivních schopností je přímo určena pro danou postavu (výjimku tvoří pouze bílá magie, kterou disponuje současně Eiko i Dagger a některé z kouzel jsou společné), zatímco ty pasivní jsou často přístupné všem postavám.